Die Tiroler Landesregierung hat in Ihrer Sitzung vom 11. September 1967 der Gemeinde Innervillgraten gem. der Tiroler Gemeindeordnung 1966 folgendes in dieser Urkunde dargestellte Wappen verliehen:
In Schwarz auf goldenem Dreiberg einen aufgerichteten, golden bewehrten silbernen Greif, einen goldenen Krummstab haltend. Die Farben der Gemeindefahne sind weiß-schwarz.
Das Wappen erinnert an die Anfänge der Gemeinde den Besiedlungsvorgang, der dank sonst seltener Zeugnisse in diesem Falle genauer bekannt ist. Angeblich im Jahre 788, kurz vor seinem Sturze, schenkte der Baiernherzog Tassilo III. das ausgedehnte, von Natur aus als Hochweide sehr geeignete, damals freilich noch in weit stärkerem Maße als heute bewaldete Gemeindegebiet als Alm dem Kloster Innichen. Die Urkunde darüber, in der „Valgratta“ erstmals genannt ist, wurde allerdings erst später angefertigt; der Innicher Besitz aber ist durch Dokumente der folgenden Jahrhunderte zweifelsfrei erwiesen.
Im Jahre 1140 übertrug das Stift seinem Vogte, dem Grafen Arnold von Morit-Greifenstein, die Rodung und Besiedlung des Villgratentales. Unter Leitung des Grafen, dessen sprechendes Wappen, der Greif am Dreiberg, nun im Gemeindewappen fortlebt, wurden die Urhöfe Innervillgratens errichtet. Vereinbarungsgemäß gingen sie nach seinem Tode um 1180 an das im Gemeindewappen durch den goldenen Krummstab versinnbildlichte Stift Innichen über, das wohl die Kolonisation fortsetzte und bis zu seiner im Jahre 1785 erfolgten vorübergehenden Aufhebung die Grundherrschaft über die meisten sonnseitig gelegenen Höfe innehatte. Das Patronat über die Pfarre, deren erster bekannte Seelsorger im Jahre 1267 eingesetzt worden war, behielt es bis zur Gegenwart. Der Gründung jener Höfe folgte die Beurbarung ursprünglich wohl auch Stiftsgut, dann zumeist dem Hochstift Freising, dem das Kloster von 816 bis vermutlich der Mitte des 13. Jahrhunderts den Grafen von Tirol und Görz, gehörten und daher bis ins 19. Jahrhundert diesen Grundherren unterstanden. Dank der intensiven mittelalterlichen Rodungstätigkeit und dem Fleiße der nachfolgenden Generationen seiner Bevölkerung steht nun Innervillgraten hinsichtlich der Nutzung der verfügbaren Fläche mit an der Spitze der Tiroler Berggemeinden.
