Innervillgraten liegt im inneren Teil des vom Villgratenbach durchflossenen Villgratentals, das vom Pustertal abzweigt. Neben dem dörflichen Zentrum, das sich um die Pfarrkirche konzentriert, besteht die Gemeinde aus weit verstreuten Höfen (Streusiedlung) und dem Kirchweiler Kalkstein auf 1640 m Seehöhe. Die westliche und südliche Gemeindegrenze ist zugleich die Grenze zu Südtirol. Aufgrund seiner exponierten Lage (Durchbruch ins Pustertal) ist das Tal erst seit 1956 ganzjährlich erreichbar.
Innervillgraten ist einer der letzten Orte in den Alpen, der noch weitgehend unberührt ist. Es gibt keinen Schilift, keine Massen-Gastronomieburgen, keine verschrobene Bauernhausarchitektur, hinter der sich tausende Gästebetten verstecken, keine Massenattraktionen.
